药师兜（蛇斗篷）自我存在。兜靠着取得大蛇丸的信赖，才能证明自己。因此大蛇丸的死，对他而言等同于自己的消失。他为了找到下一个强大的自己，将象征再生的大蛇丸细胞，放入自己体内。本作新增了数个可游玩的角色，全系列最多的忍者在此集合。 以超越动画水准重新编辑鸣人与佐助的故事，还有本作才玩得到原创故事。
兜靠着取得大蛇丸的信赖，才能证明自己。因此大蛇丸的死，对他而言等同于自己的消失。他为了找到下一个强大的自己，将象征再生的大蛇丸细胞，放入自己体内。
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